vc está importando ou dando merge??? no import geralmente pegamos arquivos de outras extensões (nao .max). se estiver dando merge que é so pegar um objeto de um cena e colocar em olutra, tinha que dar certo e não aparecer os materiais do objeto que foi merged no material editor. agora tem uma coisa, se vc nao nomeou os materiais nas suas cenas (o que é um péssimo costume) pode estar gerando conflito, pois os nomes padrão são sempre os mesmos e facilmente vc pode ter materiais de nomes duplicados. mas, geralmente, quando isso acontece, na hora de importar é solicitada a confirmação de substituir ou renomear o material duplicado. se não for isso, explica melhor a dúvida pra o pessoal conseguir te ajudar melhor.
Um abraço!!!