edu_aqui,
Ferramentas como o ShapeMerge e o Boolean "cortam" os polígonos de forma não-uniforme. Isso causa efeitos indesejados nos modelos 3D, como esse que pode ser percebido na aliança que você criou. O que o ShapeMerge fez foi projetar uma spline (linha/curva tridimensional) de forma que a mesma se agregasse (Merge) em forma (Shape) ao objeto destino, no caso, a aliança.
O que eu faria, no seu lugar: apagaria os polígonos criados automaticamente pelo ShapeMerge (os que criam o baixo relevo) localizados na área do problema e então os criaria novamente de forma manual (por exemplo, usando Create ou Bridge). Depois disso, aplicaria um Smooth seletivo para resolver de vez qualquer inconformidade restante.
Abs,
Chris Rezende.