Oi Ziriguidum, tudo bem?
Como o próprio nome do plugin ja fala, ele foi desenvolvido para animar bipedes, mas com a evolução do plugin passou a ser possível animar quadrupedes também com certa facilidade, mas não tem nenhum botão para isso, você tem que modificar o esqueleto do CS no Figure Mode para dar o formato e dimensões desejadas, não pode animar em Footstep Mode porque só funciona para Biped, tem que animar em KeyFrame Mode, e normalmente tem que modificar o valor do Balance Factor para 0.
Para as assas é como sempre falo, não tem como trabalhar bem no CS sem saber tudo de animação com Bones antes, porque o CS é um avanço sobre eles, e pode usar tudo de Bones para customizar a estrutura super básica que o CS oferece, essa asa é um ótimo exemplo, se fosse fazer com o CS teria que criar a estrutura dela em Bones normal, fazer todas as configurações e Rigging da estrutura normalmente, e depois linkar com o CS.
Você está fazendo muito bem em preferir usar Bones do que CS já que parece seu primeiro estudo desse tipo, porque o que aprender com Bones vai te facilitar a vida no futuro quando for para o CS.
Quanto a parte do Skinning para controlar partes duras e moles do corpo, sugiro que leia o tutorial sobre Skin que a Aline Lima escreveu para Três D1, está na seção de tutoriais de leitores, nele que pode controlar essas coisas, vai ter muitos problemas nessa parte com a deformação correta do Mesh, isso é normal, o primeiro modelo não fica legal mesmo, com o tempo vai perceber que depende muito da forma que modela o objeto para poder animar e ter deformações perfeitas nas juntas, bocas e tudo mais, é o tal do Edge Loop que já deve ter ouvido falar.
Abraços