Olá malyster antes de tudo vc deve entender que para o polypaint e alphas ficarem corretos( em alta resolução ) o modelo precisa ter uma quantidade elevada de poly (ser um modelo bem denso) sendo assim vc aplicando o zremesher diretamente no seu modelo estaria prejudicando a quantidade de poly deixando o modelo em uma resolução bem baixa não permitindo que os alphas e o polypaint sejam mostrados corretamente, pois bem dado essa explicação vou falar o passo a passo pra resolver o seu problema.
1_ Duplicar as subtools que vc pretende aplicar o zremesher.
2_Com a Duplicata da subtool feita vc pode aplicar o zremesher ( as configurações padrão ja são suficiente na maioria dos casos).
3_Depois de aplicar o zremesher, vc tera uma versão low poly do modelo original, tendo ele em mãos, divida ele na quantidade necessaria ( 3 a 4 divisões na maioria dos casos ).
4_Em Subtool tenha certeza que o modelo em que aplicou o zremesher esteja selecionado.
5_ Agora vá em Subtool -> Project -> Project all , vc sera questonado que 1 ou mais subtool contem polypaint e se deseja transferir junto da projeção, diga que sim .
6_ Após a projeção completa, hr de fazer o mapeamento do seu modelo.
7_Volte o modelo de 3 a 4 divisões para 1 ele ficara em low poly novamente, assim vc mode usar o uv master para fazer o mapeamento ou manda-lo pro 3ds max, mapear e mandar de volta pro zbrush.
8_Por fim tendo o modelo mapeado, volte-o para a 3 ou 4 divisão .
9_Na paleta tools va em texture map -> new from polypaint agora seu modelo possoi uma textura que pode ser exportada no formato que vc desejar, o mesmo pode ser feito com o mapa de displace e normal.
Assim que estiver os mapas em mãos vc pode mandar o modelo pro 3ds max e aplicar as texturas extraidas do zbrush normalmente como qualquer outro objeto.
Desculpe se caso não expliquei muito bem, mais agora vc ja tem uma base se tiver mais duvidas vc pode fazer uma busca no google ou you tube que terá ótimos tutorias a respeito de exportação de modelos pro 3ds max.