Oi Gra, tudo bem?
Sugiro que leia os tutoriais "Bitamap e UVW Map", "Múltiplos mapeamentos", "Unwrap UVW" e "Multi/Sub-Object" na Três D1.
Neles estão explicados todos os recursos dos mapeadores e as principais técnicas de mapeamento, que é o que precisa para resolver a sua questão.
Também porque não entendi nada do que disse, Multi/Sub-Object não sobrepõe as texturas umas sobre as outras de forma alguma, a não ser que não tenha mapeado corretamente o objeto, que não tenha atribuido IDs, ou que não tenha usado os canais de mapeamento.
E mesmo assim, não vai sobrepor, porque não é um Blend, vai substituir se não houver a definição correta de IDs.
Abraços