Oi Anderson, tudo bem?
Eu entendi o jeito que você fez e não tem certo ou errado na modelagem, o que importa é o resultado final da malha.
O problema é que ter que ficar deletando faces, aplicando Shell e soldando novamente aumenta as chances de duplicar uma face, soldar errado ou causar algum tipo de defeito.
Então, vou postar um passo a passo mostrando como eu faria essa estante.
1- Primeiro crie um Plane com vários segmentos para a colméia, mas tem que fazer maior do que a área que pretende cobrir, pois vamos jogar fora os cantos.
Dai converte em Editable Poly, acessa o Polygon Modeling no Ribbon menu e clica no Generate Topology, assim, abre a janelinha dele onde poderá escolher a malha em 45 graus.
2- Depois, entra no Sub-object Edge e tecla CTRL+A para selecionar todas as Edges, em seguida, use o Chamfer para criar a espessura da madeira.
3- Troque para o Sub-object Polygon para não perder a seleção das Edges, isso é importante para agilizar, dai ligue o Snap de vértice, habilite o Cut e corte os polígonos clicando nos vértices para ficar só com a parte que interessa.
4- Delete as faces que sobram nos cantos usando o Sub-Object Polygon, dai troque para o Sub-object Edge que ainda estará com a seleção.
5- Remova da seleção das Edges desnecessárias, que são do fundo das prateleiras nas bordas, deixando apenas o contorno das prateleiras que usaremos para arredondar no final, então, para não perder a seleção, coloque um nome na área do Selection Sets e tecle Enter, eu usei o nome borda, como aparece na imagem 5.
6- Troque para o Sub-object Border, selecione o contorno do objeto e use o Scale junto com o Shift apertado para aumentar a borda do objeto e não causar problema na extrusão, depois vamos deletar isso.
7- Selecione todas as faces internas do fundo das prateleiras e use o Extrude para fazer uma pequena extrusão para dentro.
8- Depois, use o sinal de + para criar outras extrusões aos poucos, gerando mais Loops de Edges nas paredes das prateleiras, no final, crie outra extrusão pequena.
9- Volte para o Sub-object Edge, recupere a seleção das Edges pegando o nome que colocou no Selection Sets e use o Chamfer para arredondar os cantos, coloque pelo menos 2 Segments e ajuste o Tension para 0.5.
10- Aplique o modificador Smooth, habilite o Auto Smooth e o Prevent Indirect Smoothing.
Acho que assim acaba sendo mais rápido e mais prático.
Qualquer mínima dúvida que tiver no processo, é só falar que eu explico melhor o ponto.
Abração e tudo de bom.
André Vieira