Poxa gente, que absurdo isso. Tem FAQ aqui no site explicando, tem tutorial, tem um monte de tópicos sobre isso.
Là nas FAQs de texturização essa é a primeira.
Usar multi-sub-object é a pior opção, dificulta o gerenciamento dos materiais, deixa a cena, o render e o material editor bem mais pesado.
Se fosse para ter todos os materiais da cena no material editor eles tinham colocado 1000 bolinhas lá.
Se não tem já é porque o material editor não foi feito pra guardar todos os materiais da cena.
O nome dele mesmo já fala que é para editar materiais, não é pra guardar os materiais da cena, depois que editou você não precisa mais deixar o material no material editor.
Quando quiser editar ele de novo você pega na hora que quiser pelo material/map browser.
Poderia ter só 1 bolinha no material editor que já seria suficiente.
Olhem essa FAQ que explica: http://www.tresd1.com.br/frequentes.php?t=19802