os objetos instanciados compartilham alguns parametros, como a forma, modifiers,etc... esses parametros não são recriados quando vc cria objetos instanciados. agora, existem parametros que nao podem ser compartilhados, como a posição do objeto no espaço, rotação, escala (sem modifiers). então, para cada objeto novo criado, mesmo em instance, o programa vai gerar esses dados e alguns outros. mas quantos objetos vc fez para conseguir esse numero exorbitante no tamanho (256mb) ? eu ja fiz arquivos com mais de um milhao de faces, e chegaram a 100mb de espaço. veja se nao colocou muito detalhamento nos cilindros, dependendo da distancia de visualização vc pode ir diminuindo o nivel de detalhamento, no parametro de lados do objeto, mas ai ja nao poderiam ser mais objetos instance, senao o parametro se propagaria automaticamente para todos os objetos. outra forma de diminuir o detalhamento sao os modifiers optimize e multires, aqui na 3d1 tem tutoriais sobre isso, de uma conferida. outra coisa, nao sei se é o seu caso, mas se estiver usando radiosity, nao compensa salvar a solução subdividida com o arquivo, porque ele fica enorme mesmo!!!
Um abraço!!!