Oi Stephan, tudo bem?
Nunca renderize em AVI ou MOV em 3D, porque render 3D é demorado, se der problema perde tudo, pode fazer gambiarra para juntar, mas é fria.
O melhor é renderizar sempre em sequencia de imagem, depois você monta o vídeo e coloca no codec de vídeo que quiser, ai pode tirar um com mais qualidade, outro com menos, um para web, outro para ver em CD, e assim vai. Em sequencia de imagem você pode parar o render quando quiser e voltar quando quiser, pode deixar só de noite renderizando. É legal também usar o Backburner para isso, assim, não tem que ficar colocando no frame certo para renderizar.
Um programinha bom para montar o vídeo é o Virtual Dub, ele abre a sequencia de imagens e aceita todos os codecs de áudio e vídeo que estiverem na máquina, ai é só definir os codecs e mandar renderizar, rapidinho tem o vídeo montado no codec que escolheu.
O endereço dele é http://www.virtualdub.org
Abraços