E ai FRANKLIN, blz. Bom seguinte, a melhor maneira de vc renderizar uma animação seria fazendo uma sequência de imagens vc pode usar formatos tiff ou tga, pois os 2 aceitam canal alpha. Renderizada a sequência vc pode usar programas de edição ou finalização de vídeo (premier, vegas, after effects, combustion...) pra renderizar o seu avi. Ou ainda vc pode uzar o próprio max, a pouco tempo um leitor postou uma maneira bem prática de fazer isso é só dar uma procurada no sitema de busca do fórum que vc encontra.
Quanto as manchas elas pode ser devido a compactação do avi. Ou setagem no render, qual renderizador vc esta usando?