Oi doggone, tudo bem?
Isso pode acontecer quando ocorre algum problema no arquivo, é até meio comum.
Pode acontecer um erro no arquivo na hora de salvar, por exemplo, e gera alguns problemas loucos.
O procedimento de dar Merge de tudo num arquivo novo é corriqueira nestes casos, é a primeira opção para tentar.
Você pode dar merge de tudo, não apenas de objetos, pode dar Merge de efeitos de Environment, Rendering Effects, Video Post, qualquer coisa pode ser importada do outro arquivo.
Salvando com um novo nome volta tudo ao normal.
Não é a coisa mais comum do mundo acontecer isso, mas as vezes acontece e o Merge é uma boa solução.
Isso acontece com mais frequencia se usa muitos plug-ins no programa, quanto mais plug-ins instalados, mais problemas poderá ter.
Abraços