Olá Alechandro Schmitt, tudo bem?
Quando você realiza a clonagem de um objeto, através da opção Instance, sempre que for aplicado um modificador em um objeto, o outro também sofrerá as mesmas modificações. Para realizar a desvinculação entre esses objetos, basta você selecionar o objeto a ser desvinculado, abrir o Painel Modify (segunda guia do lado direito) e clicar com o botão direito do mouse sobre o nome do objeto (no quadro branco) e escolher a opção Make Unique.
Mas se você aplicou um material no objeto antes de cloná-lo e agora deseja que um dos objetos tenha um material diferente, basta você escolher outro Slot de Material e associar ao objeto. Na questão dos materiais, a clonagem dos objetos não influencia em nada.