Oi Ricardo, tudo bem?
Quando precisa da imagem sem o Alpha, você deve salvar com a opção 24 bits e desmarcar todas as opções do lado direito.
Quando precisar do Alpha, então, você deve salvar com a opção 32 bits e habilitar apenas a opção Pre Multiplied Alpha do lado direito.
Isso vai mesclar o Alpha com a cor do fundo, é o mais comum quando vai compor no PhotoShop, mas dependendo do efeito a pessoa vai preferir desabilitar o Pre-Muliplied Alpha, para ter o Alpha puro.
É o mais comum quando vai compor no Combustion.
É muito importante desabilitar o Pre-Multiplied Alpha se o efeito é uma luz, tipo um facho de luz, por exemplo, e também em quaquer outro efeito claro ou de brilho.
Abraços