Oi Chincha, tudo bem?
Não deve ser problema do Script, deve ser porque a estrutura que você está usando é diferente da estrutura que o Script aceita configurar automaticamente.
Se o Script cria tudo automaticamente, então, a estrutura tem que ser idêntica a que ele foi configurado para fazer, se tiver um Bone a mais, esse Bone será ignorado, porque no Script não terá a definição para gerar os atributos neste objeto.
O ideal é saber configurar o RagDoll manualmente, assim, os que faltarem você mesmo pode colocar, e numa estrutura muito diferente, você mesmo pode criar todos os atributos da forma que quiser.
Basicamente usa-se apenas dois recursos do Reactor para fazer isso, o Ragdoll e o Hinge, é bem tranquilo, mas é claro que depende de um mínimo de experiência no Reactor para sair bem, mas nada que alguns testes não resolva.
Abraços