Olá Spike, tudo bem?
Faz tempo que eu não trabalho com Biped, então não vou lembrar com exatidão se esse esquema de clonar o esqueleto dá problema, mas existe uma outra possibilidade de que todos os Esqueletos possuam a mesma estrutura.
Primeiro você irá preparar um Esqueleto (BIPED). Depois você irá no painel Motion e com o botão Figure Mode ativado, irá clicar no botão ao lado de salvar. Você irá salvar um arquivo com o formato FIG que irá armazenar toda a estrutura do BIPED (apenas a estrutura, sem animação). Em seguida, você irá criar outros Bipeds e com a opção Figure Mode ativada para cada BIPED você irá carregar o arquivo FIG (através do botão Open). Dessa forma, todos os esqueletos terão a mesma estrutura.
O interessante desse arquivo FIG é que você pode usá-lo em outros arquivos max normalmente.