Oi Alechandro, tudo bem?
Realmente a melhor forma de administrar o computador é criando várias partições na HD e deixando o driver C apenas para o Windows.
Assim, qualquer pau que der, vai dar no Driver C e não em toda a máquina, bastando formatar o Driver C para tudo voltar ao normal sem perder nada.
O problema é quem usa o Max 9, que é muito ruim e ainda obriga a pessoa a instalar coisas no Driver C, ele faz igual o Word, colocando um monte de coisas na pasta "Meus Documentos".
É o fim da picada isso, você não poder escolher onde vai instalar as coisas.
Mas no Max 10 tem a opção no menu Files para definir em que local o Max vai criar estas pastas, ainda bem que viram este absurdo do Max 9 e corrigiram.
Agora, sobre a pasta de texturas, essa você pode colocar onde quiser desde as primeiras versões do Max, basta definir o caminho das texturas no Customize>Configure User Paths>External Files.
Abraços