Ai cara, com certeza absoluta vc configurou errado o Mental Ray.
Se usou só FG já tá errado, porque o certo é usar Photons (GI) e FG, dá menos chance pra aparecer flickers.
Mas se na imagem parada já aparecem estas manchas, não tem como ficar bom na animação.
Na imagem parada a iluminação tem que estar perfeita, sem manchas, ai pode animar sem problema que fica bom.
Eu fiz a animação de uma cozinha que era still e sem mudar nada não criou flicker, porque configurei bem as setagens de GI e FG.
Vc primeiro tem que aprender a configurar certo os photons, sem isso não adianta fazer nada no FG que sempre vai dar errado, o segredo tá nos photons.
Com os photons bem configurados vc pode usar valores baixos no FG que vai renderizar rápido e sem flickers.
Mas pra ensinar a configurar certo os photons com mensagens aqui no fórum é difícil.
Tem vários tuts de Mental Ray na parte de artigos aqui no site.
Mas se quiser aprender legal mesmo, pega o curso de mental ray aqui da 3d1, eu aprendi com este curso e estou fazendo boas imagens e animações sem flicker.