Julio, água realmente é algo que requer um planejamento extra.
Qualquer que seja a animação que vc vai fazer vc tem que planeja muito bem antes.
Por exemplo, se vc tem um personagem, esse personagem só aparece de sapato, bom nesse caso é obvio que vc não vai modelar os pés e os dedos. Bom se vc não modela os pés e os dedos vc não vai fazer um rig no sapato igual ao que faria no pé, vc não precisa 5 dedos, vc pode colocar apenas 1. Isso é um processo de planejamento e otimização.
No 3d tudo é assim, e em uma animação com água mais ainda.
Mais um exemplo, vc tem um barco no oceano, esse oceano esta bem revolto, vc tem no seu planejamento que vc vai ter 2 cenas desse barco vistas de fora dele, uma com um plano bem aberto e outra com o plano bem fechado.
Quando vc for fazer o plano aberto, a camera vai estar longe então não precisa muitos detalhes, como espirros de água, e espumas mais realistas, vc pode fazer tudo isso com bitmaps.
Quando for fazer o plano fechado, ai vc faz tudo isso em um arquivo novo, e ao invez de fazer um oceano gigante, vc faz ele bem menor, o suficiente pra fechar a sua área de camera, e ai vc coloca detalhamentos, como os espirros, as espumas, o que for preciso.
Esse tipo de coisa agiliza o processo e reduz dores de cabeça.
Como ja falaram o real flow é ótimo para simulações complexas envolvendo água. Mas não creia que (seguindo o exemplo do barco) vai ser só criar a malha do oceno, colocar o barco e achar que tudo vai sair perfeito automaticamente. Vc vai ter que usar outros emissores de particulas, aloca-los manualmente e simular muitas coisas de maneira mais "mentirosa", só assim é que vai ficar bom, e tb muito mais fácil de controlar. Pq diferente da natureza, aqui nos temos que ter controle geral de tudo.
Outra coisa realmente dificil de animar, e que nessas horas nem o real fow ajuda muito, são ondas, ondas na praia, não em alto mar.
Imagina animar um surfista pegando onda. Nesse caso, a melhor maneira é criar um sistema de rigging pra onda, só que isso, é difícil pra caramba. A algum tempo atraz logo após eu ter assistido o filme ta dando onda (the surfs up) eu tentei fazer isso, troquei muitas ideias com o Thunndro (que trabalha na globo) e consegui chegar perto do resultado do filme, perto, mas não funcionou como o sistema deles.
Pra vc entender o que estou falando, vai na locadora e pega esse filme e assiste o making of, vc vai entender muito melhor o processo e a maneira de fazer e compor cenas com água.
Eu tenho um making of em pdf desse filme, vou ver se consigo publicar pra vcs baixarem.