Nesses tipos de casos q o AE se diferencia de outros, se fosse como no PS poderia dar um merge e pronto só q perderia as configurações e efeitos individuais de todos, tipo n poderia voltar atrás, já no AE vc seleciona os Layers q vc quer "unir" e da um CTRL+SHIF+C para criar uma pré-composição ou Layer>Pre-Compose. Dae ele vai unir todos esse layer's em uma composição a parte, dae vc pode aplicar o efeito q quiser apenas nessa pré-composição q dae vai funcionar como se fosse uma layer só, o melhor disso é q vc pode entrar nessa pré-composição a qualquer hora e editar, deletar, configurar qualquer um desses layer individualmente e depois voltar p composição real.
Em outros casos pode até usar um Adjustment Layer CTRL+ALT+Y ou Layer>New>Adjustment Layer... ele funciona de forma similar só q ele n criar composição nenhuma apenas trabalha todos os layer abaixo dele de uma só vez, bastando aplicar o efeito na camada adjustment Layer e configurar tudo por ela. Faça os testes :****