Oq deve ta ocorrendo é q vc ta renderizando no after sem compressão, por isso o vídeo fica imenso, quando vc vai renderizar deve escolher um tipo de compressão de acordo com a sua necessidade, eu por exemplo trabalho com compressão DV pois meus vídeos geralmente vão p emissoras de televisão. No seu caso vai p onde o seu produto final? trabalhar com sequências de imgs é bom também por esse tipo de evento pq vc faz a compressão de acordo com a saída q vc vai usar e sempre vai ter as sequencias originais com boa qualidade podendo usar em outras saidas distintas como quiser.
PS: só um detalhe, quando for renderizar em sequencias de imagens escolha um formato de img q te proporcione maior qualidade e controle e *.jpg é um bom formato p visualização apenas, ou seja, n é um formato profissional de se trabalhar... prefira trabalhar com .png ou .tga