Pessoal é o seguinte, vamos entender o que o nosso colega fcluk quer, não é renderizar uma imagem com fundo alpha pra compor em outro soft de edição e sim fazer o vídeo final em alpha. Bem até onde eu sei isso não é possível de jeito nenhum, mesmo se sua composição no premiere ou after esteja em alpha, na hora de exportar o vídeo em .avi ou .mp4 ou qq outro formato de vídeo digital, automaticamente um fundo branco ou preto irá aparecer.
A melhor maneira de fazer esse vídeo em alpha é usando o flash.
Importa as imagens que foram renderizadas no max em apha pra dentro do flash e cria um video a partir dessas imagens, aí sim vc terá um vídeo, mas no formato .flv em alpha.
Outra opção seria a do nosso colega Denilson0000, tb dá pra fazer um gif animado, mas aí a qualidade das imagens iriam cair pra 256 cores, que é o máximo de cores que um formato gif aceita.