Olá pessoal, na verdade não é bem isso, são arquivos diferentes que preciso enfileirar para renderizar, ou seja: Várias cenas diferentes e não de um mesmo projeto. Mas quanto ao problema do Backbunner, andei pesquisando a fundo e pelo que parece, vários usuários estão tendo este problema, desde que foi feita a atualização para o novo backbunner (na versão 2012 do max). Minha solução foi desinstalar o backbunner atual do max 2012 e instalar a versão antiga (2008.0.1), que vem com o instalação do max até a versão 2011. Resolveu este problema com cenas pesadas e é totalmente compatível com as versões mais novas do max (2012 e 2013).
Abraço!!