Normal, caso o exporter consiga fazer pra 3ds, ou até pra ASE, já vem linkado, FBX parece q até leva modifiers.. A questão do mapeamento e smoothing groups é basica e quase todos os exports carregam..
(e realmente, segundo o que eu me lembro, o fbx foi meio q criado pra fazer a interação entre programas, etc..)
Questões de hierarquia simples e IK primitivos, são exportaveis de varias maneiras entre max e maya, mas questões mais elaboradas da animação propriamente dita já são \'estranhas\' (ex:contraproducentes) de se passar de um programa para o outro...
Mas, por exemplo, se vc gosta mais de modelar no 3ds e mais de animar no maya ou vice versa, normal.. Questão de um export e tal, a questão do mapeamento vai ser conservada no export..(só se vc ticar pra não ser,etc..) etc..
A Beleza está entre a Ética e a Razão!..