Oi Jr, tudo bem?
Pelo que entendi você usou um UVW Map em cada lado do prédio com valor diferente no Map Channel de cada um.
Assim não vai funcionar nas Engines de Games porque elas usam o segundo canal de mapeamento para o Bake de iluminação por padrão, então, as texturas ficam no Channel 1 e o Lightmap no Channel 2, até pode mudar se quiser, pode colocar o Lightmap em outro canal, mas acho que vai dificultar a sua vida sem necessidade se fizer isso.
Você pode texturizar os objetos exatamente da mesma forma que texturiza no 3ds max, aplicando os UVW Maps com Map Channel 1 mesmo em todos e os IDs com Multi/Sub-Object para colocar um material diferente em cada lado.
Desta forma vai funcionar normalmente, mas é importante usar apenas material Standard dentro do Multi/Sub-Object para não dar mensagem de erro na exportação em FBX, também pode colocar as texturas no canal Diffuse que vai chegar já texturizado na Unity.
Porém, para obter um bom resultado na iluminação o mais importante de tudo é o segundo canal de mapeamento, o que é usado para arquivar o Lightmap criado com o Bake da iluminação.
As Engines podem criar este segundo canal automaticamente, mas é a mesma coisa que aplicar o Flatten Mapping do Unwrap UVW sem soldar depois as partes do mapeamento, então, fica muito recortado e os artefatos da iluminação aparecem justamente nas emendas do mapeamento, então, quanto menos emendas tiver, melhor será o resultado.
Portanto, o ideal é que depois que texturizar normalmente você colapse tudo em Poly e aplique o modificador Unwrap UVW, colocando 2 no Map Channel, depois precisa abrir a janela do Editor do Unwrap UVW, aplicar o Mapping > Flatten Map e soldar o máximo possível das partes, no final aplica o Tools > Pack UVs para organizar as partes do mapeamento na área útil da textura, como mostra a primeira imagem em anexo.
Por fim, colapsa tudo novamente em Poly e assim poderá exportar com qualidade para a Unity, lembrando de desmarcar a opção Generate Lightmap UVs na hora da importação para não criar o mapeamento automático no segundo canal e usar o que você importou do Max, como mostra a segunda imagem em anexo.
Assim ficará perfeito.
Note que, no mapeamento da textura no canal 1 você pode deixar faces sobrepostas sem problema como faz no Max e como está acontecendo no seu caso que aplicou diversos UVW Maps no mesmo objeto, você mesmo pode ver como está o mapeamento aplicando o Unwrap UVW e abrindo a janela do Editor, cada face do prédio vai estar sobre as outras faces.
Agora, no mapeamento do Lightmap (Channel 2) isso não pode acontecer, caso contrário, a sombra de um lado vai aparecer também do outro lado e a iluminação vai ficar cheia de defeitos, por isso que é importante usar o Unwrap UVW no segundo canal e aplicar o Pack UVs no final.
Sobre o Render To Texture, ele serve para fazer o Bake dos mapas, ou seja, serve para pegar cada lado do prédio e colocar lado a lado na área útil da textura como se tivesse mapeado e texturizado com o Unwrap UVW, mas você não precisa fazer isso com as texturas pois vai funcionar da forma que falei e ainda vai ter mais resolução na textura.
O Render To Texture também serve para embutir efeitos de iluminação diretamente nas texturas, então, antigamente quando não tinha GI nas Engines você podia aplicar o efeito de GI do Mental Ray ou do V-Ray diretamente nas texturas, dai precisava estar com o canal 1 bem mapeado também, mas hoje não precisa mais.
Outra função importante do Render To Texture é gerar mapas dos objetos para usar nas Engines, por exemplo, o mapa de Ambient Occlusion para adicionar mais detalhes no sombreamento, neste caso ele é importante para a Unity, pois o Lightmap fica muito grande se quiser um sombreamento refinado e pode conseguir isso com o mapa de AO no material dos objetos.
Não é difícil usar o Render To Texture, eu posso te ensinar se quiser, mas neste caso terá que modificar a forma de texturizar o prédio, vai precisar mapear o canal 1 com o Unwrap UVW, renderizar um Template e abrir o Template no Photoshop para encaixar a textura de cada lado do prédio na área que a respectiva malha ocupa no Template para depois gerar o mapa de AO, ou então fazer o Bake da textura como disse acima, mas eu prefiro ajustar manualmente no Photoshop.
Porém, como o prédio é reto e sem detalhes, o efeito de AO não vai fazer diferença, então, não vale a pena, mas num objeto detalhado faz muita diferença.
Abraços e tudo de bom.
André Vieira