Oi Abstratovisual, tudo bem?
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Realmente não é muito comum acontecer isso, comigo pelo menos nunca deu paus desse tipo, agora certamente não precisa formatar tudo, parece que no sistema novo que o Max 6 usa já é mais complicado, mas no Max 5 não, se não aceitar desinstalar pode deletar a pasta dele, e deletar o pasta C-DILLA, essa é a mais importante, ela está oculta no C:, depois pode tentar instalar de novo, se não der novamente, então além de deletar tudo isso limpa as coisas que tiver referência ao Max no registro, depois instala novamente, ai tem que dar, no Win2000 daria, o problema é o Windows 98, ele é um sistema amador e problemático, não é adequado para rodar o Max, mesmo que instale vai encontrar problemas que não encontraria usando um sistema profissional.
Abraços