Oi Netroger, tudo bem?
Pelo que você disse, é muito melhor e mais prático usar apenas o Instance para copiar o prédio, depois, clica com o botão direito em todos eles menos um, escolhe Properties e habilita a opção Dispaly As Box.
Pronto, todos os prédios são mostrados na cena como um simples Box, não pesando em nada na Viewport, e o que deixou de fora você pode modificar a vontade, todos os outros serão modificados igualmente e no render todos os prédios vão aparecer.
Agora, no X-Ref você tem que editar o objeto no arquivo de referência, não na cena, ai você dá um update na cena que tem o X-Ref para todas as referências serem atualizadas.
Abraços