Ai Renato, se cada material do multi/sub-object precisa de um mapeamento diferente tem duas opções.
Uma é você selecionar os polígonos com o ID do primeiro material e aplicar o UVW Map com o Polygon ligado, ai o mapeamento pega só nestes polígonos.
Mas depois que terminar de mapear vc tem que colapsar ou aplicar um Edit Mesh em cima pra poder continuar no material seguinte. Eu acho melhor colapsar depois de cada UVW Map.
A outra opção é vc mudar o channel do mapeamento em cada UVW Map e em cada textura aplicada no material.
Eu acho que assim dá mais trabalho, mas vc pode ficar com os UVW Maps aplicados no objeto e editar quando quiser.
Veja no menu do UVW Map que tem o Channel, ele tem também no menu Coordinates do Bitmap.
Se colocar o mesmo Channel no UVW Map e no Bitmap, essa textura vai ser mapeada pelo UVW Map que tiver o mesmo Channel.
Dá uma lida neste tut que explica melhor: http://www.tresd1.com.br/conteudotutoriais.php?t=15255