Pelo o que entendi, você está querendo que a vértice do box que tem o ponto vermelho, fique bem em cima de onde está a cruz amarelinha, certo?
Então você está fazendo o seguinte: Quando você move, o seu sistema de coordenada está em "View" significa que ele vai mexer no objeto seguindo a coordenada da viewport. Certo, agora quando você seleciona um objeto, você sempre o move de acordo com o "Pivot" dele, não é? Como o Pivô está no meio, se você mexer o objeto, ele vai parar na cruz amarela, só que de acordo com o pivô, entendeu?
Para mover do modo que você quer, se não me engano você tem que mudar o sistema de coordenada (lá em cima do lado do botão de mover, onde tem "View","World","Gimbal", etc.) você tem que mudá-lo para "Local".
Aí, com o Snap ligado no "3<" você coloca o mouse sobre o vértice do ponto vermelho, e aí consegue arrastar pra cruzinha amarela.
Desculpe o texto pra ler, mas espero que resolva.
Calma pô! To aprendendo ainda ^__^