Oi Joka, tudo bem?
A única coisa ruim do Z-Brush é este estilo de interface e de trabalho diferente de todos os outros programas, pois dificulta muito mesmo no início.
Pelo que você falou e mostrou na imagem, parece que usou o File > Save As para salvar o que estava modelando e o File > Save As não serve para nada no Z-Brush, pois salva somente o Workspace de trabalho com o objeto 3D embutido no Canvas.
Para salvar o objeto que está modelando você precisa usar o Save As que está no painel Tools, na lateral direita da tela, assim vai salvar no formato ZTL, que é o arquivo 3D do Z-Brush.
Para abrir vai usar o Load Tool, logo do lado do Save As no painel Tools.
Dai o objeto aparece entre as Tools para você usar, clicando e arrastando na tela vai colocá-lo na Viewport do programa, mas para continuar editando em 3D tem que clicar no botão Edit, como está marcado na imagem.
Se clicar novamente na Viewport com a Tool selecionada antes de clicar no Edit, vai criar outro objeto no Canvas e o primeiro não será mais editável, apenas o último é editável.
Para criar um novo arquivo e inserir o objeto através do Tool ou para começar a modelar do zero, use o menu Document > New Document.
Abração e tudo de bom.
André Vieira