Oi Linke, tudo bem?
Depende muito de como é sua animação.
Se pretende levar em vetor para o Flash, tem que ser uma animação simples, com cores chapadas, sem texturização e sem efeitos avançados de iluminação, apenas sombra dura.
Neste caso existem diversos plugins que exportam no formato SWF, como o Illustrate, o Final Toon, o Swift 3D, o Vectra 3D, entre outros, mas todos são comerciais.
NO caso de ser uma animação realista com materiais e efeitos mais complexos, não tem como levar em vetor, só em imagem, então, basta renderizar a sequencia de imagens e importar no Flash, fica pesado para web, a não ser que seja algo pequeno e com poucos frames, caso contrário é melhor fazer um vídeo em WMV.
Abraços