Oi Alejandro
A primeira consideração é com relação ao tipo do trabalho ou projeto. Se a animação será finalizada em um único programa ou se será trabalhada entre plataformas (Ex: Max > Softimage, ou Max > Maya, ou Maya > Softimage e vice versa).
A importação/exportação de animações é a "fronteira final" na "conversa" entre programas, existem inúmeras considerações e muitos cuidados a serem tomados, há limitações e uma certa margem de erro.
Portanto, o melhor, em princípio, é que os procedimentos de "rigging" (construção de esqueletos, "envelopamento", musculatura, morph targets, controllers, scripts, etc) sejam desenvolvidos no programa finalizador. Isto reduz a margem de problemas.
Os programas que foram referidos aquí (Motion Builder, Endorphyn, etc) são editores de movimento que tem ferramentas específicas para ajudar no trabalho e união entre "clips" de animação, isto não quer exatamente dizer que simplifícam os procedimentos de animação, na verdade tornam os procedimentos mais compléxos. :-)
São indicados para trabalhos específicos de acordo com a natureza do projeto, se será usado Motion Capture (MOCAP), se será feito uso de forças dinâmicas, etc..
Para a animação tradicional, keyframe a keyframe, "ease"a "ease", normalmente este tipo de editor (programa independente) é dispensável.
O Max tem também seu editor próprio (Motion Mixer) embutido no programa. Que a partir da versão 8 pode ser usado para qualquer animação.
O Max oferece duas opções de esqueleto o uso de Biped (Character Studio) e o uso de Bones.
Dependendo do tipo de animação e workflow (fluxo do trabalho) você pode escolher entre um ou outro; o primeiro (Biped) é bastante funcional mas tem restrições de procedimentos devido a sua natureza (esqueleto pré-definido), o segundo (Bones) é muito flexível e pode ser configurado "ao gosto do freguês" :-)
A complementação do "rigging" será feita baseada no sistema de esqueleto escolhido.
É importante entender que sistemática de "rigging" e edição de movimento são tarefas diferentes, portanto o Character Studio e editores de movimento são distintos.
Espero ter ajudado
Phy