Olá Keymax, tudo bem?
Sobre sua primeira dúvida: para fazer com que os pés fiquem juntos ao parar ou mesmo alterar um dos passos criados para realizar a caminhada, basta você selecionar a ferramenta MOVE com o Footstep Mode ativado, selecionar a pegada desejada e apenas movimentá-la. Perceba que você também poderá rotacionar as pegadas da forma que desejar, dessa forma o próprio CS fará as correções nos movimentos do BIPED.
Sobre a segunda dúvida: o Footstep Mode é apenas para realizar a animação de caminha, corrida ou saltos, configurando as pernas, o quadril e mais alguns movimentos de forma que não fiquem muito duros, porém longe de um movimento realístico. Para realizar as correções destes movimentos, assim como criar os seus próprios movimentos, você terá que desabilitar o Footstep Mode e no rollout (grupo de opções) Key Info localizar o botão Set Key que será utilizado para gravar qualquer alteração de movimento de alguma parte do BIPED.
Resumindo: desative o Footstep Mode e utilize o botão Set Key para gravar os movimentos de cada parte do BIPED que você alterar. Para cada movimento criado, o mesmo deverá ser gravado com Set Key.
Essas são as formas mais básicas de realizar estes procedimentos, porém o CS fornece diversas outras ferramentas que irão agilizar e permitir movimentos melhores.
Espero ter ajudado!