Oi Estrazulas, tudo bem?
Se não tem um Bone controlando o papo, se é apenas Mesh e vai se mover de acordo com o resto da estrutura, é só aplicar um Mesh Select para selecionar apenas os vértices do papo e aplica o Flex em cima com o Sub-Object Vertex do Mesh Select ainda habilitado, o Flex vai pegar só nessa área.
Depois é só ajustar o ponto pivot do Flex certinho para o balanço ficar correto, o centro do Flex precisa ficar na base do papo.
Certamente vai aplicar o Flex depois de tudo, de Bones, de Skin, de mapeamento.
Mas pode ficar bem mais leve se aplicar o Flex antes do Mesh Smooth.
Agora, na cauda, eu acho melhor você fazer um SPline IK e riggar normalmente para poder controlar, se apenas aplicar um Flex, não vai ter controle sobre ela, pois vai efetuar apenas movimentos secundários.
A cauda precisa ser "riggada" como uma espinha, ainda poderia usar Wire ou Expressions para controlar o Dummy da base da cauda em relação aos próximos, assim, poderia controlar a cauda facilmente.
É o mesmo processo para fazer o Rig do ante-braço, mas em vez de girar no próprio eixo, vai girar em Z.
Abraços