Oi Silvarudo, tudo bem?
É como o Rush disse, tudo que é automático é mais limitado, facilita por um lado e limita por outro.
Criar a estrutura Bone completa e com recursos para tornar a animação fácil, divertida e precisa, depende de muito mais conhecimento no 3ds max e certamente é muito mais difícil.
Mas também é muito mais flexível e permite um controle muito maior sobre todos os aspectos, permite controles personalizados como você preferir.
Usar o Biped é muito mais fácil, mas é muito pior para animar, muito mais chato e limitado, só que é muito mais fácil.
Quase todo iniciante começa com Biped e só depois que adquire mais conhecimento no programa muda para Bones.
Profissionalmente usa muito Biped quando vai reproduzir movimentos capturados por MOCAP, criados em outros softs de animação, como o Motion Builder ou o Endorphin.
Mas agora o 3ds max já permite que importe MOCAP sobre extruturas Bones personalizadas.
Abraços