Fala fera, então eu não aconselharia você fazer essa junção de elementos antes de ter as meshs finais já, para evitar uma mistura de elementos, por isso mesmo você estaria separando em layers para interferir individualmente.Mas eu entendi a sua pergunta e o que você pode fazer é o seguinte, faça o que o Amon te disse, ou seja, desenhe e marque suas tools ou ferramentas no canvas , depois de um clear no canvas , e chame tudo à tona com a Multi-Marker tool. Depois disso tente mover para ver o que acontece.Você vai ver que o Zbrush só trouxe de volta pra você as ferramentas como peças, mas não estão agrupadas, não são 1 objeto só, elas vão mover-se individualmente conforme foram marcadas.Para você torná-las 1 objeto só, com elas ainda no canvas vá em Tool, abra a sub paleta Modifiers e clique em Make Polymesh.Pode apagar o canvas e confira agora que na paleta de tools na 4 linha existe uma mes chamada Composite Mesh com tudo agrupado.Indo ainda um pouco mais longe você vai perceber que se quiser esculpir em cima dessa nova mesh composta vai ficar esquisito, aparecerão muitas arestas vivas ou creases de junção das meshs anteriores, para resolver isso você pode criar uma Unified Skin para essa nova meh, escolher a nova resolução , o grau de Smoothness, e Voalá você tem uma nova malha composta .Pode ser que alguns detalhes mínimos sejam perdidos na geração da unified skin dependendo da resolução que você escolher, mas pode tentar esculpir e você vai ver como tem 1 malha só.
Um abraço.