Oi Festamix, tudo bem?
Concordo com o Bernardo, não se coloca o emissor na parte de baixo e sim na parte de cima, para deixar as partículas cairem e encher o objeto.
E quanto ao realismo da simulação, quem controla isso é você, programa que faz tudo automático é uma porcaria, o Real Flow oferece recursos para você controlar as partículas como desejar, aplicando forças (Daemons) na cena e configurando as propriedades dos objetos.
Se o limite de colisão estiver muito alto para o tamanho dos objetos, certamente vai criar uma boa distância entre as partículas e os objetos, isso acontece com qualquer sistema de simulação, até no Reactor ou nos sistemas de partículas do Max.
Ajustando a colisão, a fricção, a densidade e a pressão das partículas, vai se comportar como deseja.
Abraços