Olá thiagoncc, tudo bem?
A questão de usar uma primitiva (box, sphere) para o desenvolvimento completo de um objeto complexo ou de usar várias primitidas, irá depender muito de cada situação.
Se você utilizar vários objetos e quiser juntá-los, nunca utilize a opção Boolean que estragará a malha do seu objeto. A opção de agrupar também tem que ser descartada, porque esta opção só serve para deixar os objetos para serem movidos juntamente, ou seja, não irá funcionar em caso de animação de personagem. A melhor opção nesse caso é de você converter um dos objetos e Editable Poly ou Mesh e utilizar o comando Attach para juntar todas as partes. Porém esse não é o único processo, também é necessário juntar os vértices de forma que todas as partes se tornem realmente uma só. Mas para realizar este processo é necessário conhecer muito bem todas as ferramentas do Editable Poly ou Editable Mesh.