Oi Lenondesign, tudo bem?
Putz, 135 MB é uma paulada heim, raras vezes tive arquivos tão grandes, só quando exagerei muito na geometria. Se a sua cena é simples e tem 135 MB, então, tem algo de muito errado ai.
Realmente fica difícil de falar o que pode ter acontecido, ainda mais se é só nesta cena e só em alguns objetos.
As coisas que o Thunndro falou são justamente as mesmas que eu iria falar.
Ou é algum Wire, alguma expressão, algum Script no objeto, ou então trocou o controlador por um Position Expression, por exemplo, ai não vai mover mesmo.
Ou então está com Lock no menu Link Info dentro do Hierarchy.
Não vejo outra possibilidade para acontecer isso.
Abraços