Olá bernardomb, tudo bem?
Você pode usar tanto o Set Key (com o Key) como o AutoKey que esta situação irá ocorrer se você não estiver acostumado com a forma de gravação das animações no MAX.
Se você apenas gravar a movimentação de um vértice em seu ponto final, o MAX tratará com sendo o seu ponto inicial o frame 0, ou seja, você tem que dizer para ele qual será o frame inicial.
O ideal para esse tipo de situação é utilizar o Dope Sheet (acessando a opção de menu: Track View - Dope Sheet). Nessa tela você consegue trabalhar com todos os frames da animação, inclusive os frames por vértices de uma line.
Quando você estiver na tela do Dope Sheet, você irá abrir as opções (sinal de +) do seu objeto Spline (Shape). Localize a opção Master e abra essa opção também. Você verá um item para cada vértice animado da sua line. Agora é só posicionar o keyframe inicial de cada vértice para o frame em que de fato ele deveria começar a se animar.
Outra forma é você ir tomando cuidado de sempre clicar no botão Key no frame inicial da animação de cada vértice, onde dessa forma você irá indicar ao MAX que este vértice estará na mesma posição do frame 0 (já que ele ainda não foi movimentado). Agora é só posicionar a time-line no frame final da animação deste vértice, ajustar o vértice para a nova posição e então gravar esta nova posição com o key.