Eu imaginei que ia ficar um pouco confuso, hehehe.
Bom a primeira coisa que imaginei foi exatamente isso, que quando vc manda renderizar os arquivos ele vai usar as configurações de render que já estão setadas no arquivo que ele abrir. Mas se o arquivo não for um *.max ele não vai ter configuração nenhuma selecionada, ai ele vai ou renderizar com o scaline ou com o renderizador que estiver definido como padrão.
No menu do renderer, vc tem a opção de salvar presets de configurações de render. Inclusive o max já tem algums padrões, elas ficam salvas na pasta "renderpresets" do max.
Eu costumo usar muito esses presets para economizar tempo. O que faço é criar uma configuração padrão, tanto pra testes de render como para renders finais de still e de animação. Ai o que faço é apenas um ajuste fino dependendo da situação, assim não preciso ficar reconfigurando todo o renderizador cada vez que vou fazer um render.
Então a ideia seria que o seu script tivesse uma opção para carregar esses arquivos de presets de render, assim todos os arquivos a serem renderizados vão ser renderizados com a mesma configuração. O que o usuário teria que fazer é apenas criar esses arquivos de preset, do seu renderizador, seja vray, mental ray, brazil r/s, maxwell...
O arquivo do preset vai ser sempre o mesmo independento do renderizador pois ele é gerado pelo max e não pelo renderizador.