Oi Cursi, tudo bem?
Você pode fazer da forma que quiser, contato que funcione.
O legal de Rig é justamente isso, você pega as ferramentas e monta a estrutura como quiser para fazer o que quiser.
Num setup padrão de personagens, eu também prefiro fazer os braços e as pernas separadas do tronco, lincadas com um Dummy ou outro objeto, mas não ligadas com Bones, porque dificulta o processo sem necessidade, mas se quiser fazer assim, também pode.
Você pode ter um Bone no ombro para controlar essa movimentação e os Bones do braço não precisam estar conectados diretamente a este Bone do ombro, tudo depende da forma que está fazendo o Rig.
Os primeiros são assim mesmo, parece ser muito difícil e aparecem muitas dúvidas, mas depois que fizer alguns personagens vai ver que é a parte mais legal do programa, é igual brincar de Lego.
Abraços