Oi Diefox, tudo bem?
Seja bem vindo ao nosso site, espero que participe bastante aqui com a gente.
Sobre a sua dúvida, o Skin é melhor do que o Physique, pois o Skin é mais recente e oferece mais recursos, mas ele é mais complexo e tem vários modificadores para englobar todas as possibilidades.
Sobre o problema com o ajuste dos Bones, o certo é que isso seja feito antes de tudo, é normal no primeiro personagem as coisas darem errado e ter que fazer de novo, vai acontecer por alguns personagens ainda até ter prática.
Eu acho mais jogo você deletar tudo e fazer de novo, porque está aprendendo e testando.
Mas você pode salvar o Physique, deletar o modificador, ajustar os Bones, aplicar o modificador novamente e carregar o arquivo do Physique, assim, onde estava ajustado vai continuar ajustado.
Abraços