Oi lawless, tudo bem?
Seja bem vindo ao nosso site, espero que participe bastante aqui com a gente.
Sobre a sua dúvida, segue as dicas dos amigos, mas especificamente sobre o problema que descreveu quando aplicar Extrude na linha importada em AI, isso está acontecendo porque os vértices da linha não estão soltados corretamente.
Se você selecionar a linha importada, teclar o número 1 acima da letra Q no teclado, vai entrar no Sub-Object Vertex.
Teclando CTRL+A você vai selecionar todos os vértices, assim, pode usar o comando Weld que aparece no menu Modify para soldar os vértices abertos.
Veja que na frente do Weld tem um valor, se ele for grande, vai soldar todos os vértices, precisa colocar um valor bem pequeno, tipo 0,01 ou menos, dependendo da escala que importou essa linha.
Feito isso, você pode aplicar o Extrude numa boa para gerar o objeto 3D que não vai dar o efeito.
Neste caso, eu acho melhor usar o Bevel, que permite criar bordas arredondadas e chanfradas.
Abraços