Oi Estrazulas, tudo bem?
O BVH e qualquer arquivo de Mocap guarda as informações das juntas, no mínimo a quantidade e a distância entre elas, porque o movimento vai ser diferente se o personagem tem perna curta ou perna longa, por exemplo.
Então, a estrutura tem que ser idêntica a da estrutura usada na captura do movimento, se tiver uma junta a mais, ele não vai ter as informações sobre ela, se a distância for diferente, o movimento não ficará certo, então, depende da estrutura usada na captura.
Agora, é possível transferir a animação de um Biped para outro com tamanhos diferentes, usando o Merge Animation, neste caso você vai ter que mapear todas as juntas para escalonar de acordo com o diferença de tamanho dos modelos.
Abraços