Oi Marcoz, tudo bem?
O Morpher é chato e limitado mesmo, mas é a forma mais fácil de fazer isso.
Eu acho muito melhor fazer um Rig facial com Bones, porque você tem muito mais controle sobre as expressões, mas depende de muito mais conhecimento no 3ds max do que precisa para fazer com Morpher.
O problema de seleção é justamente o que o Leandro disse, todos os objetos tem que ter a mesma quantidade de vértices.
Se você tirou uma cópia do objeto para fazer um Target do Morph, só pode mover vértices para deformar, se editar os polígonos inserindo ou retirando vértices do objeto, já não serve mais para usar.
Testa desta forma que você vai conseguir.
Mas se quiser dar uma olhada num tutorial para fazer o rig facial com Bones, tem este aqui no site: http://www.tresd1.com.br/viewtopic.php?t=24072
Abraços