Ai lamertia, seja bem vindo no fórum cara, eu acho que você está errando na criação dos keys como o cesar disse.
porque se não criar os keys, ai volta ao normal como vc disse.
aplica o ffd no objeto e liga o Autokey, arrasta 10 frames na barra de frames abaixo das viewports e modifica os pontos do ffd para deformar o objeto, depois coloca a barra no frame 20 e faz outra modificação, depois coloca no frame 30 e modifica de novo, ai os keys são criados na barra de frames guardando as deformações.
Mas você vai ter outros problemas para fazer isso, porque letra normal com extrude não serve para deformar.
Porque na face da frente e de trás os polígonos não estão em quad, é um polígono só para fechar a face e isso não deixa deformar legal.
O certo é modelar novamente as faces da letra para deixar os polígonos em quad (quadrados) e ai pode deformar como quiser.