Ai cara, seja bem vindo aqui.
Resumindo bem dá pra falar que o After é melhor para o dia a dia, para o chão de fábrica, para o trabalho rotineiro de uma produtora de vídeo, ele é mais fácil do que o Combustion e tem recursos para facilitar as coisas mais varejo.
O Combustion é melhor para coisas mais aprimoradas, é bem melhor para correção de cores, porque o recurso dele de correção de cores é o mesmo do Smoke, que ai já é um soft high-end que não roda em PC.
Smoke é pra rodar em estações Tezzero, dá pra rodar em PCs parrudos com Linux, mas no MAC eu acho que não roda não.
1GB de RAM não dá nem pra começar.
Para os mortais o Combustion é o mais próximo destes programas high-end.
Existem outros bons e mais acessíveis, como o Fusion da e-on.
Tem outros poderosos por ai que não exigem tanto da máquina, como o Shake, o Nuke.
São super poderosos também e não tem as dificuldades com equipamento que tem com Smoke, Flame e compania.
Só que nenhum destes softs vc vai encontrar material de estudo, nem do Combustion, os vídeos do Feitosa são coisa rara.
De After você encontra a rodo por ai.
E sobre os plug-ins da Trapcode, são antigos e saturados já, efeitos como o Shinne por exemplo, ninguém aguenta mais ver, de tanto que usaram já virou varejo, tem que usar com cuidado.
É como usar Lens Flare, se não tomar cuidado denigre a produção, porque é um efeito muito varejo.
Mas todos os plug-ins do After Effects rodam no Combustion.
Se vc quiser colocar os recursos do After no Combustion, é só copiar a pasta de plug-ins dele e colocar no Combustion, ele vai entender todos e vão aparecer na lista de efeitos dele. ;)