Fiz uma pesquisa rápida e descobri o seguinte:
1 - Assim que você liga (wire) um Custom Attribute (CA) com o parâmetro de algum objeto (seja rotação, mover, escalar, você escolhe) um Animation Track aparece diretamente abaixo do nome do CA no Track View. Se o nome do seu CA é "ctrl rotacao" então esse track receberá o nome de "crtl rotacao Animation".
2 - Se você liga (wire) outro CA (digamos, "crtl posicao") a um outro parâmetro do mesmo (ou outro) objeto, então o track de animação anterior vai desaparecer! E agora você terá um "crtl posicao Animation" abaixo do CA "crtl posicao" no Track View.
Algumas vezes essa última "crtl posicao Animation" track nem aparece, e ambos CA não mostram tracks de animação. Às vezes o MAX até trava e fecha quando você conecta (wire) os CA e tenta animá-los por Auto Key ou Set Key.
3 - Esse assunto pode ser a redescoberta da roda, mas estou curioso para saber se algum de vocês já experimentou esse tipo de problema. Qualquer Patch/Fix/Workaround/Mágica que vocês saibam, por favor, compartilhem!!
A única maneira que encontrei de contornar esse problemas é adicionar um Attribute Holder no dummy ou helper para cada CA que você deseja colocar... o problema é que quanto mais CAs você colocar, maior vai ficar seu Stack, o que foge completamente do ponto em se ter usado CA em primeiro lugar - que é de ter um Stack compacto e facilmente animável...