Ai Ariel Alencar, pra fazer o material com opacidade vc tem que colocar o mapa de opacidade no canal Opacity do material.
Se vc tem o TGA com 32 bits o canal alpha está junto, dai vc faz uma cópia desta imagem que tá no diffuse e coloca no canal Opacity, marcando a opção Alpha no Mono Channel Output dentro do mapa bitmap.
Se vc tem essa imagem preto e branco separada da imagem colorida, é só colocar no canal Opacity.
Tem um tutorial aqui: http://www.tresd1.com.br/conteudotutoriais.php?t=14989
A outra dúvida vc tem que agrupar as partes do modelo pra mudar a escala de tudo junto.
Seleciona todos os objetos e vai no menu Group>Group, dá um nome na janela que aparece e pronto, virou um grupo só.