Se eu entendi bem o que você falou, vc está enfrentando um problema que eu tbm enfrento quando exporto para outros formatos. Você tem que partir do pressuposto de que os formatos de exportação só suportam o channel 1 mesmo, mas no programa em 3d você usa o channel 2, channel 3, etc para poder criar a sua textura. A idéia é passar as modificações do channel 3 para o channel 1.
Quando se fala de channel, está se falando de um "lugar" dentro da sua malha que guarda a informação de coordenadas 2d dos vértices. Isso é necessário para que você tenha a mesma malha em 3d projetada em um espaço 2d para receber as texturas. É essa informação que o channel guarda. Cada channel pode ter diferentes configurações de malhas (UVW) no plano 2d.
Para passar as informações do channel 3 para o channel 1 você tem que copiar o "uvw" do channel 3 para o channel 1. Para isso, tem o modificador Unwrap UVW. Aplica ele ao objeto, põe 3 no map channel, clica no botão edit, clica em file da janela que abriu, clica em save UVs, salva ele com qualquer nome, aplica um outro Unwrap UVW, deixa o map channel no 1, clica no botão edit, clica em file, clica em load UVs e carrega o arquivo que você salvou.
Pronto. Seu UVW que você usou no channel 3 no render to texture agora está no channel 1, que é exportado. Então, provavelmente, quando você aplicar a textura que vcgerou no rtt vai estar td certo.
Espero que eu tenha entendido seu problema. Se entendi, então é essa a solução.
Abração